TeamViewer pracuje s plným šifrováním založeným na výměně veřejných a soukromých klíčů a šifrování RSA a relací s 256bitovým šifrováním AES. Tato technologie je také použita v protokolu https/SSL a je považována za zcela bezpečnou a je kompatibilní se současným stavem poznání a technologického pokroku.
Výměna klíčů také zabezpečuje plnou klientskou ochranu údajů. To znamená, že ani směrovací servery nemohou datový proud přečíst.